Gran golpe electoral para Erdogan en las grandes ciudades.
La oposición principal también está ligeramente por delante en el concurso para alcalde de Estambul, según sugieren cifras publicadas por la agencia estatal de noticias Anadolu.
Pero el partido AKP del presidente está desafiando el resultado en ambas ciudades.
Las elecciones municipales se llevaron a cabo en todo el país el domingo y una alianza liderada por el AKP obtuvo más del 51% de los votos.
Las elecciones, consideradas un veredicto sobre el gobierno de Erdogan, han tenido lugar durante una recesión económica.
La moneda, la lira, ha estado perdiendo valor recientemente y la economía entró en recesión en los últimos tres meses de 2018.
¿Qué ha estado diciendo el partido gobernante?
El AKP, o Partido de la Justicia y el Desarrollo, alega "votos inválidos e irregularidades en la mayoría de los 12,158 centros de votación en Ankara".Su secretario general, Fatih Sahin, dijo en Twitter: "Usaremos nuestros derechos legales al máximo, y no permitiremos que se modifique la voluntad de nuestros ciudadanos en Ankara".
El AKP dice que también pondrá a prueba el resultado en Estambul, la ciudad más grande, y en la provincia oriental de Igdir.
Al comentar los resultados en un discurso pronunciado el domingo, Erdogan contempló las elecciones nacionales de 2023: "Tenemos un largo período por delante en el que llevaremos a cabo reformas económicas sin comprometer las reglas de la economía de libre mercado.
"Si hay algún defecto, es nuestro deber corregirlos", dijo.
¿Cuáles son los resultados?
Más de 57 millones de personas en el país se registraron para votar por alcaldes y concejales. La participación fue alta en poco menos del 85%.La oposición del candidato del Partido Popular Republicano (CHP), Mansur Yavas, ganó en Ankara, dijeron las autoridades.
Con casi todos los votos contados, tenía casi el 51% y Mehmet Ozhaseki del AKP había ganado el apoyo de poco más del 47%.
Tanto CHP como el AKP reclaman la victoria en Estambul, que ha estado en manos de los partidos vinculados al Sr. Erdogan desde 1994, cuando fue elegido alcalde de la ciudad.
La comisión electoral dijo que Ekrem Imamoglu de la CHP lideraba allí en menos del 0,5%, pero que los resultados de más de 80 urnas estaban siendo cuestionados.
Los resultados obtenidos por Anadolu pusieron el margen aún más estrecho, a menos de 0.25%.
El AKP había estado diciendo que su candidato, el ex primer ministro Binali Yildirim, estaba por delante con 4.000 votos.
Más tarde admitió que su oponente tenía una ventaja limitada, solo para que el AKP reclamara nuevamente la victoria.
La tercera ciudad más grande, Izmir, fue a la CHP.
'Golpe agonizante'
Análisis de Mark Lowen, corresponsal de la BBC en Turquía
El presidente Erdogan había pintado esta elección como una cuestión de supervivencia. Ahora ha recibido un golpe agonizante.
Por primera vez en un cuarto de siglo, su partido ha perdido Ankara.
Y en la potencia económica de Estambul, hay una gran diferencia entre el gobernante Partido AK y la oposición.
Como el conteo oficial mostró menos de 3,000 votos entre ellos en esta ciudad de 18 millones, ambos dijeron que habían ganado.
Pero luego el conteo se detuvo, con más del 1% de las urnas aún sin abrir: una táctica, dice la oposición, para robar la victoria.
Este podría ser un momento decisivo para el poderoso y polarizador presidente de Turquía: cuando una oposición considerada moribunda durante mucho tiempo se siente vencida.
¿Cómo fue la campaña?
Esta fue la primera votación municipal desde que Erdogan asumió amplios poderes ejecutivos en las elecciones presidenciales del año pasado.El AKP, con sus raíces en el islam político, ha ganado todas las elecciones desde que llegó al poder en 2002.
Erdogan, cuya campaña de dos meses incluyó 100 mítines, dijo que la encuesta era sobre la "supervivencia" del país y su partido.
Con la mayoría de los medios de comunicación a favor del gobierno o controlados por los partidarios de Erdogan, los críticos creen que los partidos de la oposición hicieron una campaña en desventaja.
Las manifestaciones del Sr. Erdogan dominaron la cobertura televisiva.
El opositor Partido Democrático de los Pueblos kurdos (HDP) dijo que las elecciones fueron injustas y se negó a presentar candidatos en varias ciudades.
Algunos de sus líderes han sido encarcelados por cargos de terrorismo, acusaciones que rechazan.
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